Στo πρώτο επίπεδο της δομής της οργάνωσης βρίσκεται το Διοικητικό συμβούλιο μαζί με τις συμβουλευτικές επιτροπές που μπορεί να συστήσει. Το Διοικητικό Συμβούλιο έχει έως 15 μέλη και φέρει κατ’ ουσία την τελική ευθύνη για όλες τις αποφάσεις και δράσεις της οργάνωσης. Τα μέλη του έχουν τριετή θητεία, με δυνατότητα ανανέωσης για άλλα τρία χρόνια, ενώ τα νέα μέλη προτείνονται και εκλέγονται από τα υπάρχοντα μέλη. Το Διοικητικό Συμβούλιο συνεδριάζει τουλάχιστον 3 φορές το χρόνο, οπότε και εγκρίνει τη στρατηγική της οργάνωσης, το ετήσιο σχέδιο δραστηριοτήτων και τον αντίστοιχο προϋπολογισμό της οργάνωσης, και ελέγχει τον ρυθμό υλοποίησής τους. Το ΔΣ επίσης αξιολογεί συνολικά την απόδοση της οργάνωσης, την απόδοση του Γενικού Διευθυντή και ελέγχει την επίδοση των βασικών στελεχών της.

Η λειτουργία και οι αρμοδιότητες του Διοικητικού Συμβουλίου προσδιορίζονται από το καταστατικό της οργάνωσης και εξειδικεύονται από τον «Κανονισμό Λειτουργίας του Διοικητικού Συμβουλίου».

Η σύνθεση το ΔΣ είναι η εξής:

Πρόεδρος: Θύμιος Παπαγιάννης

Αντιπρόεδρος: Βρασίδας Ζάβρας

Γραμματέας: Αθηνά Δεσύπρη

Μέλη:

• Νίκος Εμπέογλου
• Xαράλαμπος Κουταλάκης
• Τάσος Λεβέντης
• Tony Long
• Αριστοτέλης Παπαγεωργίου

Το έργο του Διοικητικού Συμβουλίου υποστηρίζεται από τρεις επιτροπές οι οποίες είναι οι εξής:

Εκτελεστική Επιτροπή

• Αθηνά Δεσύπρη
• Βρασίδας Ζάβρας
• Θύμιος Παπαγιάννης
• Δημήτρης Βλαστός

Επιτροπή Οικονομικών

• Νίκος Εμπέογλου (πρόεδρος)
• Αθηνά Δεσύπρη
• Ζάχος Χατζηπαναγιώτου

Επιστημονική Επιτροπή

• Θύμιος Παπαγιάννης (πρόεδρος)
• Γιώργος Κατσαδωράκης
• Λεωνίδας Λουλούδης
• Μαρία Θεσσαλού - Λεγάκη
• Αριστοτέλης Παπαγεωργίου
• Βρασίδας Ζάβρας
• Δημήτρης Καραβέλλας
• Κωνσταντίνος Λιαρίκος
• Θεοδότα Νάντσου